Transcripción: Proceso por el que la enzima rna polimerasa sintetiza una molécula de rna de banda sencilla que es complementaria de un molde de dna
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   Universidad Nacional Autónoma de México Facultad de Química Bioquímica Experimental GLOSARIO BIOLOGÍA MOLECULAR Rizo Grajales Norma A. Células competentes: Las células que tienen la capacidad de absorber las moléculas de DNA se dice son competentes. Algunas células son naturalmente competentes en ciertas etapas de su crecimiento, mientras que otras requieren ser tratadas con calcio u otros iones y exponerse a varios choques de calor y frío. Las células competentes se utilizan en los estudios de transformación. Conjugación: Transferencia de DNA de una célula bacteriana a otra. Enzimas de restricción: Enzimas que reconocen y catalizan el rompimiento de secuencias de DNA de doble banda en sitios específicos de cada banda, generando extremos romos o “pegajosos” (cohesivos). Aisladas por lo general de bacterias. Extremos cohesivos: Extremos prominentes 5ˈ o 3ˈ de banda sencilla de fragmentos de DNA producidos por la actividad de enzimas de restricción. Extremos romos: Extremos de los fragmentos de DNA que producen las enzimas de restricción cuando cortan el DNA en la misma posición en ambas bandas. Kilobase (kb): Secuencia de mil bases de una molécula de ácido nucleico. Inducción: Capacidad que tienen los organismos para sintetizar ciertas enzimas sólo cuando las necesitan; por ejemplo, en E. coli, las enzimas que utilizan lactosa sólo se sintetizan cuando está presente su sustrato lactosa. El termino inducción se refiere también a la activación de la transcripción de un gen como consecuencia de un inductor que interactúa con una proteína reguladora. Lisis alcalina: Uso de una solución alcalina de detergente que lisa las células y desnaturaliza al DNA. Se utiliza en el aislamiento de DNA de las células microbianas. Plásmido: Molécula de DNA circular extracromosómico que tiene la capacidad de duplicarse en forma autónoma. Promotor: Secuencia de bases de una molécula de DNA que la RNA polimerasa reconoce y a la que se une, promoviendo así la transcripción. Sitios de restricción: Secuencias específicas cortas del DNA de doble banda que son reconocidas y atacadas por las enzimas de restricción. Traducción: Proceso de síntesis de proteínas, llevado a cabo en los ribosomas, en el que la secuencia de bases de la clave de tríadas del mRNA se convierte en los aminoácidos apropiados de la proteína para la cual codifica. Transcriptasa reversa: Sintetiza una copia de DNA a partir de una molécula de mRNA. Transcripción: Proceso por el que la enzima RNA polimerasa sintetiza una molécula de RNA de banda sencilla que es complementaria de un molde de DNA. Transducción: Transferencia de genes bacterianos de una bacteria a otra por un bacteriófago. Transformación: En ingeniería genética, término que se utiliza para describir la introducción de DNA exógeno en las células. Vector: Molécula de DNA, por lo común un plásmido o un bacteriófago, en el que pueden insertarse (clonarse) fragmentos de DNA extraño. El vector posee típicamente uno o más genes de resistencia a los antibióticos a manera de marcadores seleccionables y uno o más sitios de restricción únicos, con frecuencia dentro de esos genes de resistencia. El vector tiene también la capacidad de duplicarse en forma autónoma en un organismo hospedante definido, como es el caso de E. coli. REACTIVOS Dodecil Sulfato de Sodio: (SDS) Un fuerte detergente cargado negativamente usado para desnaturalizar proteínas en la electroforesis de gel de poliacrilamida SDS. El detergente SDS disuelve los componentes lipídicos y las proteínas de la pared celular. El hidróxido de sodio desnaturaliza el DNA cromosomal y plasmídico en hebras simples; los círculos intáctos de DNA plasmídico permanece entrelazado. Gel de agarosa: Carbohidrato polimérico inerte que forma un gel cuando se hierve en agua y se deja enfriar. Los ácidos nucleicos pueden separarse en agarosa con base en su tamaño y conformación al aplicar una corriente eléctrica a través del gel (un ejemplo de electroforesis). Escherichia coli: Bacteria en forma de bacilo, gramnegativa, que no forma esporas y se encuentra en el intestino grueso de la mayoría de los mamíferos, entre ellos el hombre. Es la bacteria que mejor se ha caracterizado desde el punto de vista genético. Buffer Tango: Es un buffer diseñado especialmente para usarlo en digestiones dobles. Composición del Buffer: 33mM Tris-acetato (pH 7.9 at 37°C), 10mM acetate de magnesio, 66mM acetato de potasio, 0.1mg/ml BSA. Glucosa/Tis/EDTA: (Solución GTE) La glucosa mantiene la presión osmótica, mientras que el Tris amortigua a las células a pH8.0. El EDTA une los cationes divalentes en la bicapa lipídica, debilitando la cubierta celular. Siguiendo la lisis celular, el EDTA limita la degradación de DNA por la unión de iones MG++ que son un cofactor necesario para las nucleasas bacterianas. Etanol: Un lavado con etanol remueve algunos remanentes de sal y SDS de la preparación. Es un buen disolvente, y puede utilizarse como anticongelante. También es un desinfectante. Su mayor potencial bactericida se obtiene a una concentración de aproximadamente el 70 %. Isopropanol: El alcohol precipita rápidamente ácidos nucleicos pero precipita lentamente las proteínas. De esta manera, una precipitación rápida preferencialmente nos brinda o baja los ácidos nucleicos. IPTG: El IPTG suele utilizarse como inductor artificial del operón lac, ya que es capaz de unirse al represor LacI, pero no es un sustrato para la β-galactosidasa y no puede ser metabolizado por la bacteria. Plásmido PET-TEM-1: El plásmido pET, contiene el gen 10 del fago T7, en un sistema de expresión adecuado, tal como un procariota, por ejemplo un microorganismo perteneciente al género Escherichia, Bacillus, Salmonella, Listeria, Yersinia, etc. Tris-EDTA: El buffer Tris amortigua la solución de DNA, el EDTA protege el DNA de la degradación de DNAasas por la unión de cationes divalentes (especialmente MG++) que son los cofactores necesarios para la actividad DNAsa. Acetato de potasio/ácido acético: El ácido acético pasa el pH a neutral, permitiendo que las hebras de DNA se renaturalicen. Al mismo tiempo, el acetato de potasio precipita el SDS de la suspensión celular, junto con los lípidos y proteínas asociadas. La renaturalización cromosomal del DNA está atrapado en el precipitado de SDS/lípido/proteína. Únicamente los plásmidos pequeños de DNA, fragmentos de DNA cromosomal, y moléculas de RNA se escapan del precipitado y permanecen en solución. Bromuro de etidio: (BrEt) Es un agente intercalante usado comúnmente como marcador de ácidos nucleicos en laboratorios de biología molecular para procesos como la electroforesis en gel de agarosa. Cuando se expone esta sustancia a luz ultravioleta, emite una luz roja-anaranjada, que se intensifica unas 20 veces después de haberse unido a una cadena de ADN. Este efecto es debido al aumento de la hidrofobia del medio, y no a la rigidificación del anillo bencénico, no estando éste entre pares de bases del ADN. Como el bromuro de etidio se intercala en el ADN, esta sustancia tiene un poderoso efecto mutágeno y, posiblemente puede ser cancerígeno o teratógeno. Medio LB: Medio nutritivo, utilizado para el crecimiento de bacterias. Conocido también como caldo Luria o caldo Luria-Bertani. Este medio son comúnmente utilizados en biología molecular para la preparación de DNA plasmídico y proteínas recombinantes; y sigue siendo uno de los medios más comúnes para mantener y cultivar cepas de Escherichia coli. Existen diferentes formulaciones para este medio:
Los péptidos y las peptonas son proveídos por la triptona. Las vitaminas y los elementos traza son proveídos por el extracto de levadura. Los iones sodio para el transporte y le balance osmótico estos son proveídos por el cloruro de sodio. La bacto-triptona es utilizada para proveer aminoácidos esenciales para el crecimiento bacteriano, de vez en cuando el extracto de levadura es utilizado para proveer componentes orgánicos útiles para el crecimiento celular. Kanamicina: La Kanamicina es un antibiótico del grupo de los aminoglucósidos, de amplio espectro, bactericida,[1] activo sobre bacterias Gram positivas, Gram negativas y Mycobacterium, por lo que se indica en una amplia gama de infecciones. La kanamicina se aísla del hongo Streptomyces kanamyceticus.[2] Debido a su frecuente toxicidad, el uso de kanamicina se ha limitado últimamente al uso oral y tópico.BSA: (Albúmina sérica de bovino) También conocida como fracción V. Es una proteína sérica que tiene muchas aplicaciones bioquímicas incluyendo ELISAs (Ensayos Inmunosorbentes Ligados a Enzima) e inmunoblots. También es utilizado como nutriente en los cultivos celulares y microbiológicos. En digestiones de restricción la BSA es utilizada para estabilizar algunas enzimas durante la digestión de DNA. Esta proteína no afecta a otras enzimas que no la necesitan para su estabilización. La BSA es comúnmente utilizada como estándar de peso molecular, para determinar la cantidad de otras proteínas, comparando una cantidad desconocida de proteína con cantidades conocidas de BSA. Propiedades físicas:
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